Hebraísta y políglota, dominaba el griego, el latín, el caldeo y el italiano, tradujo el Antiguo Testamento, así como textos clásicos griegos y romanos y obras de escritores italianos contemporáneos. Por sus disputas con los dominicos y su traducción del hebreo al castellano el Cantar de los Cantares fue denunciado a la Inquisición y encarcelado por durante cuatro años (1572-1576). La acusación se basó en que prefería el texto hebreo de la Biblia al latino de la Vulgata, que era el texto oficial de la Iglesia.

Absuelto en 1576 se reincorpora a su cátedra en Salamanca. Denunciado nuevamente en 1582 por disputas teológicas relacionadas con la controversia molinista, pero esta vez sólo recibió una amonestación. En el último año de su vida es elegido Vicario General de los Agustinos y Provincial de Castilla. Murió en 1591 en su convento de Madrigal de las Altas Torres (Ávila), donde se había retirado al abandonar sus clases de la universidad.

Considerado un maestro de la prosa castellana, su libro De los nombres de Cristo (1583) no es sólo una investigación sobre las Escrituras, sino también un estudio profundo y moderno de filosofía del lenguaje.